2061年、某国にて。外界から隔絶された病院に、ある少年が入院していた。

物心つく頃からずっと病院にいた彼は、何も知らない。
自らの詳しい病状も、外の世界も、自分の名前さえも。

そんな彼の病室に、外から一人の天才少女「ハル」が入院してくる。
ハルは彼に「アルト」という名前をつけ、彼とコミュニケーションを取ろうとした。

二人の距離が徐々に縮まる中、ハルはアルトに提案する。
この「絶対に出られない」病院を退院し、桜を見に行くことを。